大沼 亮 -Curriculum Vitae

Ryo Onuma, PhD



2021年~    神戸大学 内海域環境教育研究センター 講師
2018年~2021年 日本学術振興会 特別研究員PD
2015年~2018年 国立遺伝学研究所 特任研究員
2012年~2015年 北海道大学大学院理学院 自然史科学専攻 博士後期課程
2010年~2012年 北海道大学大学院理学院 自然史科学専攻 修士課程
2006年~2010年 山形大学 理学部 生物学科


  • 藻類の野外採集・単離・培養
  • 分子系統解析(PCR・in silico解析)
  • 透過型電子顕微鏡(TEM)観察
  • トランスクリプトーム解析(実験条件調整・RNA抽出・解析全般・プログラミング)
  • 抗体染色・ウエスタンブロッティング


  • 日本藻類学会研究奨励賞 (2019) 日本藻類学会 →リンク
  • 日本藻類学会若手口頭発表賞 (2019) 日本藻類学会第41回大会実行委員会 →リンク
  • The Tyge Christensen Prize 2015(Phycologia年間論文賞) (2016) The International Phycological Society →リンク
  • The Holz-Conner Awards (Travel Grant) (2016) International Society of Protistrogists
  • 平成28年度笹川科学研究助成 (2016) 公益財団法人 日本科学協会
  • The G. F. Papenfuss Poster Award(国際藻類学会ベストボスター賞) (2013) The International Phycological Society →リンク

Invited talks

  • 大沼亮(2019)「盗葉緑体性渦鞭毛藻ヌスットディニウムから紐解く細胞内共生の進化」,原生生物・寄生虫・進化セミナー,東京
  • 大沼亮,廣岡俊亮,兼崎友,吉川博文,宮城島進也 (2017)「渦鞭毛藻ヌスットディニウムから探る細胞内共生の初期進化」,日本共生生物学会、つくば
  • 大沼亮 (2015)「渦鞭毛藻Nusuttodinium属における盗葉緑体現象の進化」、藻類・プロティストフォーラム,つくば
  • 大沼亮,堀口健雄 (2013)「無殻渦鞭毛藻におけるクレプトクロロプラスト(盗葉緑体)の動態と進化」,日本進化学会,つくば
  • 大沼亮,堀口健雄 (2013)「無殻渦鞭毛藻類のクレプトクロロプラストにおけるクリプト藻取り込み後の微細構造的変化」,地球惑星科学連合,船橋


  • 令和3年度発酵研究所 若手研究者助成,FY2021~2022,「盗葉緑体性生物群から探る葉緑体獲得進化の共通原理の解明」
  • JSPS科研費 若手研究,FY2020~2022,「盗葉緑体性渦鞭毛虫類における無機窒素同化機構とその進化の解明」
  • JSPS科研費 若手研究(B),FY2017-2019,「Nusuttodinium属渦鞭毛藻における共生藻との親密化機構の解明」
  • 平成28年度笹川科学研究助成,FY2016,「渦鞭毛藻Nusuttodinium poecilochroumにおける葉緑体維持・消化機構の解明」
  • JSPS科研費 研究活動スタート支援,FY2015-2016,「Nusuttodinium属渦鞭毛藻における盗葉緑体拡大・分裂機構の解明」



  • Kamikawa R, Mochizuki T, Sakamoto M, Tanizawa Y, Nakayama T, Onuma R, Cenci U, Moog D, Speak S, Sarkozi K, Toseland A, Oosterhout C, Oyama K, Kato M, Kume K, Kayama M, Azuma T, Ishii K, Miyashita H, Henrissat B, Lombard V, Win J, Kamoun S, Kashiyama Y, Mayama S, Miyagishima S, Tanifuji G, Mock T, Nakamura Y. (2022) Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida. Science Advances 8: eabi5075
  • Hirooka S, Itabashi T, Ichinose TM, Onuma R, Fujiwara T, Yamashita S, Jong LW, Tomita R, Iwane AH. Miyagishima S. (2022) Life cycle and functional genomics of the unicellular red alga Galdieria for elucidating algal and plant evolution and industrial use. Proceedings of the National Academy of Sciences 119:e2210665119


  • Yamada N, Sakai H, Onuma R, Kroth PG, Horiguchi T. (accepted). Five non-motile dinotom dinoflagellates of the genus Dinothrix. Frontiers in Plant Science 11: 1764.
  • Fujiwara T, Hirooka S, Ohbayashi R, Onuma R, Miyagishima S. (2020). Relationship between cell cycle and diel transcriptomic changes in metabolism in a unicellular red alga. Plant Physiology 183: 1484–1501.
  • Onuma R†, Hirooka S, Kanesaki Y, Fujiwara T, Yoshikawa H, Miyagishima S† (2020). Changes in the transcriptome, ploidy, and optimal light intensity of a cryptomonad upon integration into a kleptoplastic dinoflagellate. The ISME Journal 14: 2407–2423.
  • Ohbayashi R, Hirooka S, Onuma R, Kanesaki Y, Hirose Y, Kobayashi Y, Fujiwara T, Furusawa T, Miyagishima, S. (2020). Evolutionary changes in DnaA-dependent chromosomal replication in cyanobacteria. Frontiers in microbiology 11: 786.
  • Harada R, Hirakawa Y, Yabuki A, Kashiyama Y, Maruyama M, Onuma R, Soukal P, Miyagishima S, Hampl V, Tanifuji G, Inagaki, Y. (2020). Inventory and evolution of mitochondrion-localized family A DNA polymerases in euglenozoa. Pathogens 9: 257.


  • Uzuka A*, Kobayashi Y*, Onuma R*, Hirooka S, Kanesaki Y, Yoshikawa H, Fujiwara T, Miyagishima S†. (2019) Responses of unicellular predators to cope with the phototoxicity of photosynthetic prey. Nature Communications 10: 5606.
  • Yamada N, Bolton JJ, Trobajo R, Mann DG, Dąbek P, Witkowski A, Onuma R, Horiguchi T, Kroth PG. (2019). Discovery of a kleptoplastic ‘dinotom’dinoflagellate and the unique nuclear dynamics of converting kleptoplastids to permanent plastids. Scientific Reports 9: 1-13.


  • Yokouchi K, Onuma R, Horiguchi T. (2018). Ultrastructure and phylogeny of a new species of mixotrophic dinoflagellate, Paragymnodinium stigmaticum sp. nov.(Gymnodiniales, Dinophyceae). Phycologia 57: 539-554.


  • Hirooka S, Hirose Y, Kanesaki Y, Higuchi S, Fujiwara T, Onuma R, Era A, Ohbayashi R, Uzuka A, Nozaki H, Yoshikawa H, Miyagishima S. (2017). Acidophilic green algal genome provides insights into adaptation to an acidic environment. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 114: E8304-E8313.
  • Onuma R†, Neha M, Miyagishima S†. (2017) Regulation of chloroplast and nucleomorph replication by the cell cycle in the cryptophyte Guillardia theta. Scientific Reports 7: 2345.


  • Onuma R†, Horiguchi T (2016) Specificity of Chroomonas (Cryptophyceae) as a sourceof kleptochloroplast for Nusuttodinium aeruginosum (Dinophyceae). Phycological Research 64: 35-43.
  • Hagino K, Tomioka N, Young JR, Takano Y, Onuma R, Horiguchi T. (2016). Extracellular calcification of Braarudosphaera bigelowii deduced from electron microscopic observations of cell surface structure and elemental composition of pentaliths. Mar. Micropaleontol. 125: 85-94.


  • Onuma R, Watanabe K, Horiguchi T (2015) Pellucidodinium psammophilum gen. & sp. nov. and Nusuttodinium desymbiontum sp. nov. (Dinophyceae), two novel heterotrophs closely related to kleptochloroplastidic dinoflagellates. Phycologia 54: 192-209.
  • Onuma R, Horiguchi T (2015) Kleptochloroplast enlargement, karyoklepty and the distribution of the cryptomonad nucleus in Nusuttodinium (= Gymnodinium) aeruginosum (Dinophyceae). Protist 166: 177-195.
  • Gómez F, Onuma R, Artigas LF, Horiguchi T. (2015). A new definition of Adenoides eludens, an unusual marine sand-dwelling dinoflagellate without cingulum, and Pseudadenoides kofoidii gen. & comb. nov. for the species formerly known as Adenoides eludens. European Journal of Phycology 50: 125-138.


  • Watanabe K, Miyoshi Y, Kubo F, Onuma R, Murray S, Horiguchi T. (2014). Ankistrodinium armigerum sp. nov.(Dinophyceae), a new species of heterotrophic marine sand‐dwelling dinoflagellate from Japan and Australia. Phycological research 62: 125-135.


  • Onuma R, Horiguchi T. (2013) Morphological transition in kleptochloroplasts after ingestion in the dinoflagellates Amphidinium poecilochroum and Gymnodinium aeruginosum (Dinophyceae). Protist 164: 622–642.
  • Hagino K, Onuma R, Kawachi M, Horiguchi T. (2013). Discovery of an endosymbiotic nitrogen-fixing cyanobacterium UCYN-A in Braarudosphaera bigelowii (Prymnesiophyceae). PloS one 8: e81749.